用于三维生物样本定量分析的紧致二值掩膜与非凸等值面的半自动生成
图像与视频处理
2020-01-31 v1 计算机视觉与模式识别
细胞行为
组织与器官
摘要
当前的活体显微镜使我们能够对完整生物进行详细的时空成像(3D+t),并深入了解其在细胞水平上的发育。尽管成像速度和质量在稳步提高,全自动分割和分析方法往往不够准确。在成像大样本(100um - 1mm)和样本深处时尤其如此。果蝇胚胎发生被广泛用作发育范式,为此类挑战提供了一个例子,特别是在需要成像细胞轮廓时——这也是其他系统中的普遍挑战。为应对当前果蝇胚胎3D+t光片显微镜图像定量分析中的瓶颈,我们开发了一套半自动开源工具。所提出的方法包括半自动掩膜流程、非凸三维等值面向二维表示的自动投影,以及细胞分割与追踪。
引用
@article{arxiv.2001.11469,
title = {Semi-Automatic Generation of Tight Binary Masks and Non-Convex Isosurfaces for Quantitative Analysis of 3D Biological Samples},
author = {Sourabh Bhide and Ralf Mikut and Maria Leptin and Johannes Stegmaier},
journal= {arXiv preprint arXiv:2001.11469},
year = {2020}
}
备注
5 pages, 2 figures