为胚胎组学生成半合成验证基准
计算机视觉与模式识别
2016-11-17 v1 细胞行为
定量方法
摘要
系统性验证是算法开发的重要组成部分。然而，许多近期时间分辨 3D 荧光显微镜成像实验中观察到的庞大数据集规模和复杂性，阻碍了全面的手动真值生成。此外，该领域现有的模拟基准通常过于简单或过于专门化，不足以充分验证所观察到的图像分析问题。我们提出了一种生成真实 3D+t 基准的新的半合成方法，该方法将真实胚胎具有挑战性的细胞运动动力学与模拟荧光核及人工图像畸变相结合，包括各种可参数化选项，如细胞数量、采集缺陷或多视图模拟。我们成功应用该方法模拟了具有数千个细胞的斑马鱼胚胎在其早期存在 14 小时内的发育过程。
引用
@article{arxiv.1604.04906,
title = {Generating Semi-Synthetic Validation Benchmarks for Embryomics},
author = {Johannes Stegmaier and Julian Arz and Benjamin Schott and Jens C. Otte and Andrei Kobitski and G. Ulrich Nienhaus and Uwe Strähle and Peter Sanders and Ralf Mikut},
journal= {arXiv preprint arXiv:1604.04906},
year = {2016}
}
备注
Accepted publication at IEEE International Symposium on Biomedical Imaging: From Nano to Macro (ISBI), 2016