选取差异化形态以分而治之十亿像素病理图像
计算机视觉与模式识别
2023-11-17 v1
摘要
全切片图像(WSIs)是展现复杂组织结构的海量数字病理文件。从每张 WSI 中选取一小部分具有代表性的图像块至关重要却颇具挑战。因此,遵循“分而治之”(Divide & Conquer)策略对于推动 WSI 分析(包括计算病理学中的分类与 WSI 匹配)变得不可或缺。为此,我们提出一种称为“差异化形态选取”(Selection of Distinct Morphologies, SDM)的新方法,用于挑选 WSI 图像块的子集。其目标是在涵盖给定 WSI 内所有固有形态变异的同时,将所选图像块数量降至最少以表征这些变异,从而确保得到一个紧凑而全面的图像块集合。这一系统性筛选出的图像块集合构成了我们所称的“蒙太奇”(montage)。我们在多个公开与私有组织病理学数据集上评估了 SDM 蒙太奇的代表性。评估采用留一法 WSI 检索与匹配评价方法,并与当前最优的 Yottixel 马赛克(mosaic)进行比较。SDM 在所有数据集的评估中均展现出卓越效能。此外,SDM 通过内在优化选取过程以捕获 WSI 内差异化形态特征,消除了经验参数化的必要——而这是 Yottixel 马赛克的关键环节。
引用
@article{arxiv.2311.09902,
title = {Selection of Distinct Morphologies to Divide & Conquer Gigapixel Pathology Images},
author = {Abubakr Shafique and Saghir Alfasly and Areej Alsaafin and Peyman Nejat and Jibran A. Khan and H. R. Tizhoosh},
journal= {arXiv preprint arXiv:2311.09902},
year = {2023}
}