用于组织病理学图像表示的斑块聚类
图像与视频处理
2019-03-19 v1 计算机视觉与模式识别
摘要
全切片成像(WSI)在过去十年中已成为重要课题。尽管医学图像处理与计算资源均取得显著进展,WSI 中仍有问题尚待解决。一大挑战是扫描尺寸。数字化组织样本的维度可能超过 100,000 乘 100,000 像素,给实时处理带来内存与效率障碍。本工作的主要贡献是通过选取少量斑块进行算法处理(例如索引与搜索)来表示 WSI。结果我们将搜索时间与存储降低了介于()之间的不同倍数,而斑块检索准确率仅损失几个百分点。我们对 KimiaPath24 数据集的局部二值模式(LBP)与深度特征应用了自组织映射(SOM)以聚类具有同类特征的斑块。我们使用高斯混合模型(GMM)以相当小()的斑块比例表示每个类别。结果表明 LBP 特征可以胜过深度特征。在 SOM 聚类与 GMM 斑块选取后仅选取所有斑块的 ,我们获得了最佳匹配检索 的准确率,而最大准确率(使用所有斑块)为 。
引用
@article{arxiv.1903.07013,
title = {Patch Clustering for Representation of Histopathology Images},
author = {Wafa Chenni and Habib Herbi and Morteza Babaie and H. R. Tizhoosh},
journal= {arXiv preprint arXiv:1903.07013},
year = {2019}
}
备注
Accepted for publication in the 15th European Congress on Digital Pathology (ECDP 2019), University of Warwick, UK