SeedProteo：精确的从头全原子蛋白质结合剂设计
生物大分子
2026-02-25 v2
摘要
我们提出了SeedProteo，一种用于从头全原子蛋白质设计的扩散模型。我们展示了如何通过有效整合自条件特征，将最先进的折叠架构重新利用为强大的生成式设计框架。广泛的基准测试突出了该模型在两项不同任务上的能力：在无条件生成中，SeedProteo表现出优越的长度泛化能力和结构多样性，对长序列和复杂拓扑保持鲁棒性；在结合剂设计中，它在开源方法中达到了最先进的性能，实现了最高的计算设计成功率、结构多样性和新颖性。最后，我们通过两种治疗靶标的湿实验验证了SeedProteo，实现了70%-80%的命中率和皮摩尔级别的结合亲和力，建立了领先结果。为了促进社区采用，我们通过网页服务器（https://seedfold.io/proteinDesign）提供SeedProteo的公共访问。
引用
@article{arxiv.2512.24192,
title = {SeedProteo: Accurate De Novo All-Atom Design of Protein Binders},
author = {Wei Qu and Yiming Ma and Fei Ye and Chan Lu and Yi Zhou and Kexin Zhang and Lan Wang and Minrui Gui and Quanquan Gu},
journal= {arXiv preprint arXiv:2512.24192},
year = {2026}
}