SBMLtoOdin 与 Menelmacar：面向专家与非专家受众的系统生物学模型交互式可视化
定量方法
2025-04-30 v1
摘要
动机：生物学中的计算模型可以增进我们对生物系统的理解，用于回答研究问题，并进行预测。计算模型的可访问性和可重用性受限，常常仅限于编程与数学方面的专家。这源于需要从模型通常呈现的数学notation中实现整个模型与求解器。实现：本文我们提出SBMLtoOdin，一个将生物模型数据库中的SBML格式微分方程模型翻译为可执行R代码的R软件包，后者使用R包odin，允许研究者轻松重用模型。我们也提出Menelmacar，一个基于网页的应用程序，提供这些模型的交互式可视化，通过在浏览器中求解微分方程来实现。该平台允许非专家使用易用的网页界面进行仿真与探索。可获得性：SBMLtoOdin在Apache 2.0许可证下发布于https://github.com/bacpop/SBMLtoOdin，可作为R软件包安装。Menelmacar网站的代码在MIT许可证下发布于https://github.com/bacpop/odinviewer，网站可在https://biomodels.bacpop.org/访问。
引用
@article{arxiv.2504.20710,
title = {SBMLtoOdin and Menelmacar: Interactive visualisation of systems biology models for expert and non-expert audiences},
author = {Leonie J. Lorenz and Antoine Andréoletti and Tung V. N. Nguyen and Henning Hermjakob and Richard G. FitzJohn and Rahuman S. Malik Sheriff and John A. Lees},
journal= {arXiv preprint arXiv:2504.20710},
year = {2025}
}
备注
6 pages, 1 figure