利用最小化子对后缀数组进行采样
数据结构与算法
2014-12-04 v2
摘要
对后缀数组进行(均匀)采样是一种古老的思想,它用索引空间的减少来换取模式搜索时间。几年前,Claude等人展示了一种字母表采样方案,对于足够长的模式,与稀疏后缀数组相比,该方案允许更高效的模式搜索。他们方法的一个缺点是要求搜索的模式必须包含所选子字母表中的至少一个字符。在这项工作中,我们提出了一种替代的后缀采样方法,仅以最小模式长度为要求,这在实际中似乎更方便。实验表明,我们的算法在大多数标准基准数据上实现了有竞争力的时空权衡。
引用
@article{arxiv.1406.2348,
title = {Sampling the suffix array with minimizers},
author = {Szymon Grabowski and Marcin Raniszewski},
journal= {arXiv preprint arXiv:1406.2348},
year = {2014}
}
备注
One new SamSAMi variant; extended experimental results