压缩间隔后缀数组
数据结构与算法
2014-03-11 v3
摘要
间隔种子（spaced seeds）是生物信息学中相似性搜索的重要工具，联合使用多个种子往往能显著提升其性能。然而，现有方法对每个种子都需要维护一个独立的线性大小数据结构，要么是哈希表，要么是间隔后缀数组（SSA）。本文展示了如何在相对于普通后缀数组（SA）压缩 SSA 的同时，仍支持对其快速随机访问。我们首先证明了在已有 SA 的情况下存储 SSA 所需空间的理论上界。随后，我们通过实验表明，该方法在实际应用中效果更佳。
引用
@article{arxiv.1312.3422,
title = {Compressed Spaced Suffix Arrays},
author = {Travis Gagie and Giovanni Manzini and Daniel Valenzuela},
journal= {arXiv preprint arXiv:1312.3422},
year = {2014}
}