ROIBIN-SZ：面向串行晶体学的快速且保科学压缩
分布式、并行与集群计算
2022-06-24 v1
摘要
晶体学是研究蛋白质原子结构的主导技术，并产生海量信息，给同步辐射与自由电子激光光源的存储与数据传输能力带来压力。有损压缩已被认为是应对日益增长数据量的可能手段；然而，先前的方法未能以满足科学需求所需的充分速率产生充分质量。本文提出 ROI 分箱结合 SZ 有损压缩 (ROIBIN-SZ)，一种新颖、并行且加速的压缩方案，将动态选定的关键区域保真保留与背景信息的有损压缩相分离。我们对该压缩方案协同设计所达成的性能与质量结果进行了广泛评估并给出结果。我们能在溶菌酶与硒代生物素基链霉亲和素上分别实现高达 196 倍与 46.44 倍的压缩比，同时充分保留数据以在接近 upcoming 光源需求带宽与规模的条件下重建结构。
引用
@article{arxiv.2206.11297,
title = {ROIBIN-SZ: Fast and Science-Preserving Compression for Serial Crystallography},
author = {Robert Underwood and Chun Yoon and Ali Gok and Sheng Di and Franck Cappello},
journal= {arXiv preprint arXiv:2206.11297},
year = {2022}
}
备注
12 pages, 8 figures