从大数据逆向工程调控网络：生物学家指南
分子网络
2014-11-04 v1
摘要
组学技术通过大规模并行序列获取或分子测量，实现了对生物系统的无偏研究，将生命科学带入大数据时代。此类组学数据集带来的一个核心挑战是如何将这些数据转化为生物学知识。例如，如何利用这些数据回答诸如：哪些功能通路参与细胞分化？我们应该靶向哪些基因来阻止癌症？网络分析是解决这一问题的强大且通用的方法，包含两个基本阶段：网络重建和网络查询。本文中，我们概述了网络分析，并提供了如何执行和使用该方法来研究生物学问题的分步指南。在本指南中，我们还包含了我们及其他人在网络分析工作流程的每个步骤中所使用的软件包。
引用
@article{arxiv.1411.0595,
title = {Reverse enGENEering of regulatory networks from Big Data: a guide for a biologist},
author = {Xiaoxi Dong and Anatoly Yambartsev and Stephen Ramsey and Lina Thomas and Natalia Shulzhenko and Andrey Morgun},
journal= {arXiv preprint arXiv:1411.0595},
year = {2014}
}