快速伪影去除与 H&E 染色组织分割
图像与视频处理
2023-12-20 v2 计算机视觉与模式识别
机器学习
定量方法
摘要
我们提出了一种创新方法，用于在全切片图像（WSIs）中快速分割苏木精和伊红（H&E）染色组织，并消除包括笔迹标记和扫描伪影在内的多种不良伪影。我们的方法将 WSI 低倍率 RGB 概览图取单通道表示，其中像素值呈双峰分布，使得 H&E 染色组织易于与背景及各类伪影区分。我们在来自多家机构和 WSI 数字扫描仪的 30 张含有大量伪影的 WSI 上演示了该方法，并将其与 Otsu 阈值法和 Histolab 组织分割及笔迹过滤工具提供的分割结果进行比较。我们发现，该方法在 30 张 WSI 中的 29 张上成功分割组织并完全去除所有伪影，而 Otsu 阈值法未能去除任何伪影，Histolab 笔迹过滤工具仅部分去除了笔迹标记。我们方法的优势在于其简洁性：操控 RGB 色彩空间并使用 Otsu 阈值法，无需机器学习或参数调优即可实现 H&E 染色组织分割与伪影快速去除。
引用
@article{arxiv.2308.13304,
title = {Rapid Artefact Removal and H&E-Stained Tissue Segmentation},
author = {B. A. Schreiber and J. Denholm and F. Jaeckle and M. J. Arends and K. M. Branson and C. -B. Schönlieb and E. J. Soilleux},
journal= {arXiv preprint arXiv:2308.13304},
year = {2023}
}
备注
7 pages, 3 figures