短DNA单词的随机快速设计
数据结构与算法
2007-05-23 v1
摘要
我们考虑高效设计一组等长DNA字符串（单词）以满足特定组合约束的问题。该问题具有诸多动机，包括DNA计算和DNA自组装。以往工作已将编码理论结果扩展到新的以生物学为动机的约束上，并应用了启发式局部搜索和遗传算法技术进行代码设计。本文提出了DNA码设计问题的一种自然优化表述，其目标是在满足给定约束集合的同时，设计n个字符串，并最小化字符串的长度。对于多组约束，我们提供了在n及任何给定约束参数的多项式时间内运行的高概率算法，输出的字符串长度在最优解的常数因子范围内。迄今为止，已无工作考虑此类优化问题于DNA码设计的语境。
引用
@article{arxiv.cs/0601084,
title = {Randomized Fast Design of Short DNA Words},
author = {Ming-Yang Kao and Manan Sanghi and Robert Schweller},
journal= {arXiv preprint arXiv:cs/0601084},
year = {2007}
}