QWENDY：基于四重协方差矩阵的基因调控网络推断
分子网络
2025-09-30 v4
摘要
了解基因调控网络（GRN）对于理解各种生物机制至关重要。本文提出了一种方法 QWENDY，利用在四个时间点测量的单细胞基因表达数据来推断 GRN。基于线性基因表达模型，它求解协方差矩阵的变换。与前身 WENDY 不同，QWENDY 避免了求解非凸优化问题并产生唯一解。我们在三个实验数据集和两个合成数据集上测试了 QWENDY 的性能。与相同数据集上先前测试的方法相比，QWENDY 在实验数据上排名第一，尽管在合成数据上表现不佳。
引用
@article{arxiv.2503.09605,
title = {QWENDY: Gene Regulatory Network Inference by Quadruple Covariance Matrices},
author = {Yue Wang and Xueying Tian},
journal= {arXiv preprint arXiv:2503.09605},
year = {2025}
}