NaChBac 细菌钠离子通道中的量子化脱水与选择性决定因素
生物物理
2018-03-20 v1 生物大分子
摘要
本文开发了一种离散静电/扩散模型,基于离子库仑阻塞(ICB)和量子化脱水(QD)来描述离子通道的选择性渗透。该模型已被应用于描述在细菌 NaChBac 钠离子通道及其部分突变体中测量到的选择性现象。本研究采用定点诱变和全细胞膜片钳技术,探讨了选择性过滤器(SF)处固定电荷值 如何影响价态选择性和同电荷选择性。新的 ICB/QD 模型预测,增加 会导致选择性序列向更大的离子尺寸和电荷偏移,该结果与当前实验及早期研究相符。将模型与实验数据进行比较,提供了证据表明 SF 处存在一个有效电荷 ,其幅度小于与孤立蛋白质残基电荷相对应的标称 。此外,天冬氨酸和谷氨酸带电环的 不同,并且还取决于它们在 SF 内的位置。研究表明,受限空间内残基的质子化是显著降低 EEEE 环有效电荷的一个重要因素。根据反常摩尔分数效应(AMFE)实验推导出的 值与基于 ICB/QD 模型的预期高度吻合,并首次清晰展示了 Ca 传导中随固定电荷变化的预期 ICB 振荡现象。对 Ca 传导随 pH 值依赖关系的初步研究与该模型的预测一致。
引用
@article{arxiv.1803.07063,
title = {Quantized Dehydration and the Determinants of Selectivity in the NaChBac Bacterial Sodium Channel},
author = {O. A. Fedorenko and I. Kh. Kaufman and W. A. T. Gibby and D. G. Luchinsky and S. K. Roberts and P. V. E. McClintock},
journal= {arXiv preprint arXiv:1803.07063},
year = {2018}
}
备注
13 pages 7 figure + Supplemental Information