同源蛋白与蛋白变体的定量分析
定量方法
2018-10-29 v1 基因组学
应用统计
统计方法学
机器学习
摘要
许多蛋白变体——源于可变剪接、翻译后修饰（PTMs）或旁系同源基因——具有独特的生物学功能，例如组蛋白 PTM 蛋白变体。然而，现有自下而上的质谱（MS）方法对其定量受到肽段特异性偏差的影响。为避免这些偏差，我们开发并实现了一个用于定量蛋白变体化学计量比的第一性原理模型（HIquant）。我们表征了何时质谱数据允许通过 HIquant 推断蛋白变体化学计量比，推导了最优推断算法，并通过实验证明了在不使用外部标准的情况下定量分数 PTM 占有率的高准确性，即使在具有挑战性的组蛋白修饰密码案例中也是如此。HIquant 服务器部署于：https://web.northeastern.edu/slavov/2014_HIquant/
引用
@article{arxiv.1708.01772,
title = {Quantifying homologous proteins and proteoforms},
author = {Dmitry Malioutov and Tianchi Chen and Jacob Jaffe and Edoardo Airoldi and Steven Carr and Bogdan Budnik and Nikolai Slavov},
journal= {arXiv preprint arXiv:1708.01772},
year = {2018}
}