蛋白质质谱中的质子动力学
化学物理
2017-02-28 v1 生物物理
摘要
天然电喷雾电离/离子迁移-质谱 (ESI/IM-MS) 能够精确测定蛋白质的低分辨率结构特征。然而，质子动力学（我们已在气相中针对 DNA 观察到）的存在及其对蛋白质结构决定因素的影响，迄今尚未被研究。在此，我们通过对一种药理相关肽——淀粉样β肽的 N 端残基 (Abeta(1-16))——采用多步模拟策略来解决这一问题。我们的计算重现了 ESI-MS 实验的最大电荷态，并且与本文通过 ESI/IM-MS 测量的碰撞截面 (CCS) 数据也相当吻合。尽管主要结构特征得以保留，但在动力学最初的约 0.1 ms 内确实发生了细微的构象变化。此外，基于 B3LYP 理论水平的量子力学/分子力学 (QM/MM) 模拟显示，分子内质子动力学过程在气相中以皮秒时间尺度发生。我们得出结论：在 ESI-MS 实验的飞行时间（通常为毫秒时间尺度）内，质子转移现象确实频繁发生。然而，与该过程相关的结构变化并未显著影响结构决定因素。
引用
@article{arxiv.1702.07929,
title = {Proton Dynamics in Protein Mass Spectrometry},
author = {Jinyu Li and Wenping Lyu and Giulia Rossetti and Albert Konijnenberg and Antonino Natalello and Emiliano Ippoliti and Modesto Orozco and Frank Sobott and Rita Grandori and Paolo Carloni},
journal= {arXiv preprint arXiv:1702.07929},
year = {2017}
}
备注
J. Phys. Chem. Lett. 2017