蛋白质漏字文
定量方法
2017-07-31 v1 生物物理
摘要
蛋白质序列的语言学分析是一种未被充分利用的技术。在此，我们利用漏字文（lipogram）的概念在蛋白质组水平上表征序列。漏字文是一种省略一个或多个字母的文学作品。蛋白质漏字文同样省略一种或多种氨基酸。在本文中，我们建立了基于漏字文对序列集合进行分解的可用术语。接下来，我们使用漏字文分解来表征 Uniref50。在全局层面上，蛋白质漏字文表现出幂律特性。可以观察到与代谢成本的明显相关性。最后，我们利用漏字文构造来区分生命之树四个分支（古菌、细菌、真核生物和病毒）之间的蛋白质组。我们从这项试点研究得出结论，漏字文作为序列分析和蛋白质组分类的附加工具展现出相当大的潜力。
引用
@article{arxiv.1707.08984,
title = {Protein Lipograms},
author = {Jason Laurie and Amit K Chattopadhyay and Darren R Flower},
journal= {arXiv preprint arXiv:1707.08984},
year = {2017}
}
备注
8 pages, 2 columns, 5 figures