通过分析多个mRNA微阵列与microRNA表达数据集鉴定胰腺癌预后生物标志物
基因组学
2023-06-22 v1
摘要
目前胰腺癌的五年存活率接近5%，是癌症相关死亡的第四大原因。先前若干研究已表明早期诊断对提高存活率具有重要作用，且已有多种在线工具被用于识别预后生物标志物，但过程漫长。我们认为统计特征选择方法可在此产生更好且更快的结果。为验证该观点，我们选取了三个不同的mRNA微阵列（GSE15471、GSE28735和GSE16515）以及一个microRNA（GSE41372）数据集，用于鉴定差异表达基因（DEGs）与差异表达microRNAs（DEMs）。通过采用若干特征选择方法，筛选出178个DEGs和16个DEMs。在鉴定DEMs的靶基因后，我们选出两个DEGs（ECT2和NRP2），它们也出现在DEMs的靶基因中。此外，总生存分析表明ECT2和NRP2与较差的总生存相关。因此，我们得出结论：对于胰腺癌，统计特征选择方法在生物标志物鉴定上确实优于预定义的在线程序，且ECT2和NRP2可作为潜在的预后生物标志物。我们文献中的所有资源、程序和代码片段可在 https://github.com/Srizon143005/PancreaticCancerBiomarkers 获取。
引用
@article{arxiv.2306.12320,
title = {Prognostic Biomarker Identification for Pancreatic Cancer by Analyzing Multiple mRNA Microarray and microRNA Expression Datasets},
author = {Azmain Yakin Srizon},
journal= {arXiv preprint arXiv:2306.12320},
year = {2023}
}
备注
Undergraduate Thesis Work, Supervised By: Md. Al Mehedi Hasan, Degree was awarded by Department of Computer Science & Engineering, Rajshahi University of Engineering & Technology