通过分子结构的不变表示预测小分子与蛋白质的结合
化学物理
2024-05-09 v1 生物大分子
摘要
我们提出了一种计算方案，用于预测与已知结构口袋结合的配体。它基于生成分子的通用抽象表示，该表示对旋转、平移和原子排列具有不变性，并与构象空间具有一定程度的等距性。我们使用这些表示来训练一种非深度机器学习算法，以对口袋与分子对之间的结合进行分类，并表明该方法比现有方法具有更好的泛化能力。
引用
@article{arxiv.2405.04916,
title = {Predicting the binding of small molecules to proteins through invariant representation of the molecular structure},
author = {R. Beccaria and A. Lazzeri and G. Tiana},
journal= {arXiv preprint arXiv:2405.04916},
year = {2024}
}