PlantMarkerBench：面向证据支撑的植物标记基因推理的多物种基准
计算与语言
2026-05-13 v2
摘要
细胞类型特异性标记基因是植物生物学的基础，然而现有资源主要依赖精选数据库或高通量研究，未对科学文献中发现的支撑证据进行显式建模。我们引入了 PlantMarkerBench，这是一个多物种基准，用于评估从全文生物学论文中基于文献的植物标记证据解释。PlantMarkerBench 使用模块化筛选流程构建，集成了大规模文献检索、混合搜索、物种感知的生物学基础化、结构化证据提取以及针对性人工审查。该基准涵盖四种植物——拟南芥、玉米、水稻和番茄——包含 5,550 个句子级证据实例，标注了标记-证据有效性、证据类型和支撑强度。我们定义了两个基准任务：确定候选句子是否为基因-细胞类型对提供有效的标记证据，以及将证据分类为表达、定位、功能、间接或阴性类别。我们在不同物种和提示策略下对多种开放权重和闭源语言模型进行了基准测试。尽管前沿模型在直接表达证据上取得了相对较强的性能，但在功能性、间接和弱支撑证据上的性能显著下降，证据类型混淆成为主要的失败模式。开放权重模型在模糊的生物学语境下还表现出较高的假阳性率。PlantMarkerBench 为基于文献的生物学证据归因提供了一个具有挑战性且可复现的评估框架，并支持未来在可信科学信息提取和 AI 辅助植物生物学方面的研究。
引用
@article{arxiv.2605.10032,
title = {PlantMarkerBench: A Multi-Species Benchmark for Evidence-Grounded Plant Marker Reasoning},
author = {Sajib Acharjee Dip and Song Li and Liqing Zhang},
journal= {arXiv preprint arXiv:2605.10032},
year = {2026}
}