PFMFind：一种用于发现肽同源性与功能的系统
定量方法
2013-05-17 v2 基因组学
摘要
蛋白片段基序查找器（Protein Fragment Motif Finder, PFMFind）是一个利用相似性搜索高效发现蛋白质序列短片段之间关系的系统。它支持基于得分矩阵和通过类似PSI-BLAST的迭代过程获得的PSSM的查询。PSSM的构建可通过用Python编写的插件进行定制。PFMFind由一个GUI客户端、使用索引进行快速相似性搜索的算法以及用于存储搜索结果和序列注释的关系数据库组成。它主要用Python编写。所有组件之间通过TCP/IP套接字通信，并可位于不同的物理机器上。
引用
@article{arxiv.q-bio/0603011,
title = {PFMFind: a system for discovery of peptide homology and function},
author = {Aleksandar Stojmirović and Peter Andreae and Mike Boland and Thomas William Jordan and Vladimir G. Pestov},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0603011},
year = {2013}
}
备注
6 pages, 2 figures