环形排列蛋白的序列顺序无关结构比对
生物大分子
2016-11-17 v1
摘要
环形排列连接蛋白的 N 与 C 末端并同时在其链上别处切断，是生成新蛋白折叠与功能的重要机制。然而其在基因组中的情况未知，因为当前检测方法会漏掉许多实例，将随机重复误认为环形排列。此处我们开发一种从结构比较检测环形排列蛋白的方法。蛋白结构的序列顺序无关比对可视为最大权独立集问题的特例，已知计算困难。我们通过反复求解适当中间整数规划公式的松弛开发高效近似算法，显示近似比远优于理论最差比 r = 1/4。文献报道的环形排列蛋白可用我们的方法快速识别，而它们被公开可用的结构比对服务器漏检。
引用
@article{arxiv.q-bio/0407039,
title = {Order independent structural alignment of circularly permuted proteins},
author = {T. Andrew Binkowski and Bhaskar DasGupta and Jie Liang},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0407039},
year = {2016}
}
备注
5 pages, 3 figures, Accepted by IEEE-EMBS 2004 Conference Proceedings