用于数字显微镜数据管理与归档并集成患者病理和治疗信息的开源工具
图像与视频处理
2020-08-19 v1 计算机视觉与模式识别
摘要
虚拟显微镜包括组织学切片的数字化和使用计算机技术对癌症等疾病进行复杂研究。然而,此类数字图像的自动图像分析或网站发布因其文件体积庞大而受到阻碍。我们开发了两种基于 Java 的开源工具:Snapshot Creator 和 NDPI-Splitter。Snapshot Creator 将大幅数字切片的一部分转换为所需质量的 JPEG 图像。该图像在澳大利亚乳腺癌组织库(ABCTB)使用的定制化开源癌症数据管理软件(Caisis)中与患者的临床和治疗信息相关联,随后使用 Deep Zoom 开源技术发布于 ABCTB 网站 www.abctb.org.au。通过 ABCTB 在线搜索引擎,可通过定义癌症类型或表达的生物学标志物等各种标准来检索数字图像。NDPI-Splitter 将大幅图像文件分割为较小的 TIFF 图像部分,以便使用 Metamorph 或 Matlab 等图像分析软件轻松分析。NDPI-Splitter 还具备滤除空白图像的能力。Snapshot Creator 和 NDPI-Splitter 是新颖的开源 Java 工具。它们将数字切片转换为较小体积的文件以供进一步处理。结合 Deep Zoom 和 Caisis 等其他开源工具,该工具套件用于数字显微镜图像的管理与归档,使数字化图像能够在线浏览和缩放。我们的在线图像库也可用作教学资源。这些工具还能将大文件分块以进行图像分析。
引用
@article{arxiv.2008.06837,
title = {Open source tools for management and archiving of digital microscopy data to allow integration with patient pathology and treatment information},
author = {Matloob Khushi and Georgina Edwards and Diego Alonso de Marcos and Jane E Carpenter and J Dinny Graham and Christine L Clarke},
journal= {arXiv preprint arXiv:2008.06837},
year = {2020}
}