从分子动力学获取开放量子系统参数
生物物理
2015-07-01 v1 化学物理
摘要
我们通过结合能隙计算的分子动力学模拟，提取了绿色硫细菌的Fenna-Matthews-Olson (FMO)色素蛋白复合体的位点能量和谱密度。通过比较四种不同的方法组合，我们研究了文献中先前获得的位点能量和谱密度在定量差异上的起源。我们发现，分子动力学的不同力场以及由结构弛豫发现的不同局域能量极小产生了显著不同的结果。尽管如此，对这些变化取平均的图像与实验和其他一些理论结果吻合良好。自始至终，我们讨论了色素分子外部或内部的振动如何以不同方式进入提取的量中并可被区分。我们的结果为未来建立计算量更大的计算以精确确定谱密度提供了一些指导。这些谱密度是确定捕光复合体的吸收光谱以及传输特性所必需的。
引用
@article{arxiv.1506.09123,
title = {Open quantum system parameters from molecular dynamics},
author = {Xiaoqing Wang and Gerhard Ritschel and Sebastian Wüster and Alexander Eisfeld},
journal= {arXiv preprint arXiv:1506.09123},
year = {2015}
}