利用哈密顿自适应分辨率方案对蛋白质及其水化壳进行开放边界模拟
化学物理
2017-11-16 v1 生物物理
摘要
近期提出的哈密顿自适应分辨率方案（H-AdResS）允许在开放边界框架下执行分子模拟。它允许动态改变特定分子子集（通常为溶剂）的分辨率，这些分子可在原子级区域与粗粒化储库间自由扩散。迄今，该方法已成功应用于纯液体。将 H-AdResS 方法与蛋白质的混合模型（如分子力学/粗粒化（MM/CG）方案）耦合，是在低分辨率蛋白质模型中进行配体结合自由能严格计算的一种有前景途径。朝此目标，本文首次将 H-AdResS 应用于双分辨率溶剂中的两个原子级蛋白质，证明其能够复现由原子级模拟得到的蛋白质与溶剂的结构和动力学性质。
引用
@article{arxiv.1711.05613,
title = {Open Boundary Simulations of Proteins and Their Hydration Shells by Hamiltonian Adaptive Resolution Scheme},
author = {Thomas Tarenzi and Vania Calandrini and Raffaello Potestio and Alejandro Giorgetti and Paolo Carloni},
journal= {arXiv preprint arXiv:1711.05613},
year = {2017}
}
备注
This document is the Accepted Manuscript version of a Published Work that appeared in final form in Journal of Chemical Theory and Computation, copyright \c{opyright} American Chemical Society after peer review and technical editing by the publisher