RNA速率的数学研究 II：算法方面
数值分析
2025-02-25 v1 数值分析
基因组学
摘要
在先前论文 [CSIAM Trans. Appl. Math. 2 (2021), 1-55] 中，作者提出了一种用于分析 RNA 速率的理论框架，RNA 速率是 scRNA-seq 数据分析中揭示快照数据下细胞状态转变动力学过程的一个有前景的概念。本文致力于对 RNA 速率工作流中若干关键组件进行算法研究。本文阐述了四个重要方面：（1）我们构造了一种合理的时间尺度固定方法，可确定细胞的全局基因共享潜时间。（2）我们提出了一种针对通过 EM 算法获得的推断参数的不确定性量化策略。（3）我们建立了下游分析中关于样本量的速度核带宽选择的最优准则，并讨论其含义。（4）我们提出了沿细胞发育路径的两个细胞簇之间的时间距离估计方法。还进行了一些说明性数值测试以验证我们的分析。这些结果旨在为未来 RNA 速率类方法的进一步发展提供工具和见解。
引用
@article{arxiv.2306.05707,
title = {On the Mathematics of RNA Velocity II: Algorithmic Aspects},
author = {Tiejun Li and Yizhuo Wang and Guoguo Yang and Peijie Zhou},
journal= {arXiv preprint arXiv:2306.05707},
year = {2025}
}
备注
32 pages, 5 figures