RxRx3-core：高内容显微镜中的药物-靶点相互作用基准
高能物理 - 唯象学
2025-03-27 v1 核理论
摘要
高内容筛选 (HCS) 显微镜数据集已转变了对细胞对基因和化学扰动的反应进行轮廓推断，从而实现药物-靶点相互作用 (DTI) 的细胞推断。然而，由于缺乏可接近的数据集和稳健的基准，导致表示学习方法在 HCS 数据中的采用受阻。为解决这一问题，我们提出 RxRx3-core，作为 RxRx3 数据集的精选和压缩子集，并附关联的 DTJ 基准任务。仅需 18GB，RxRx3-core 显著降低了大规模 HCS 数据集大小的障碍，同时保留了进行表示学习模型与零射线 DTJ 预测任务基准测试所必需的关键数据。RxRx3-core 包括 222,601 幅显微镜图像，覆盖 736 个 CRISPR knockout 和 1,674 个化合物的 8 个浓度。RxRx3-core 可在 HuggingFace 和 Polaris 上获取，附带预训练嵌入和基准代码，确保研究社区的可接近性。通过提供紧凑数据集和稳健的基准，我们旨在加速 HCS 数据表示学习方法的创新，并支持发现新的生物学洞见。
引用
@article{arxiv.2503.20157,
title = {Nucleon Energy Correlators for the Odderon},
author = {Heikki Mäntysaari and Yossathorn Tawabutr and Xuan-Bo Tong},
journal= {arXiv preprint arXiv:2503.20157},
year = {2025}
}
备注
17 pages, 5 figures