NPCoronaPredict：用于预测纳米颗粒-生物分子冕的计算流水线
介观与纳米尺度物理
2024-03-13 v1 生物物理
计算物理
摘要
浸入生物流体中的纳米颗粒的冕对其在环境或活组织内的最终归宿和生物活性至关重要。为了确保新型工程纳米材料的生物相容性，深入了解潜在的生物纳米相互作用和冕的组成是至关重要的。对这些性质进行计算机预测需要成功跨越时间和物理维度的多个数量级，以便在合理的时间内产生结果，这需要开发多尺度建模方法。在此，我们展示了 NPCoronaPredict 开源软件包：一套软件工具，能够对本质上任意的生物流体，或更广泛地包含有机分子的任何介质中的复杂多组分纳米材料进行此类预测。该软件包集成了几种最新的基于物理的计算模型，以及一个包含基于物理和数据驱动的纳米材料与有机分子参数化库。我们描述了其基础理论背景以及该软件包的功能，涵盖了从多组分纳米颗粒的设计到冕的评估。
引用
@article{arxiv.2403.07819,
title = {NPCoronaPredict: A computational pipeline for the prediction of the nanoparticle-biomolecule corona},
author = {Ian Rouse and David Power and Julia Subbotina and Vladimir Lobaskin},
journal= {arXiv preprint arXiv:2403.07819},
year = {2024}
}
备注
52 double-spaced pages and 17 figures (main text), 13 pages and 1 figure (supporting material)