无 NOE 的蛋白质结构——高顺磁性体系中的另类范式
化学物理
2020-02-05 v1 生物物理
摘要
当前通过 NMR 谱学测定蛋白质结构的范式迄今基于以核 Overhauser 增强 (NOE) 形式收集核 pair 之间的距离约束。在某些情况下，这些约束已辅以其他信息源，如顺磁弛豫增强或残余偶极耦合。在此，我们首次报道了不使用 NOE 的 NMR 蛋白质结构测定。来自 Rhodopseudomonas palustris TIE-1 的蛋白质 PioC 是一种 HIPIP，其中 4Fe4S 簇具有顺磁性，并提供作为替代距离约束的顺磁弛豫增强 (PRE) 来源。将经由 NOE 结构约束获得的结构族、经由 PRE 获得的结构族，以及结合 NOE 与 PRE 获得的结构族进行比较，揭示它们之间的两两 RMSD 相似，且与各结构族内部的精度相当。该工作为小型动态顺磁性金属蛋白质的结构表征奠定了基础，开启了结构生物学中 NMR 应用的新范式。
引用
@article{arxiv.2002.01228,
title = {NOE-less protein structures-an alternative paradigm in Highly Paramagnetic Systems},
author = {Inês Trindade and Michele Invernici and Francesca Cantini and Ricardo O Louro and Mario Piccioli},
journal= {arXiv preprint arXiv:2002.01228},
year = {2020}
}
备注
Text:12 pages, 4 Figures. Supplementary Information: 30 pages, 7 Tables, 7 Figures