近最优RNA-Seq定量
定量方法
2015-05-18 v2 计算工程、金融与科学
数据结构与算法
基因组学
摘要
我们提出了一种在速度和准确度上近乎最优的 RNA-Seq 定量新方法。实现该方法的软件称为 kallisto，可在标准笔记本电脑上用不到 5 分钟分析 3000 万条未比对双端 RNA-Seq 读数，同时提供与现有最佳工具一样准确的结果。这消除了 RNA-Seq 分析中的主要计算瓶颈。
引用
@article{arxiv.1505.02710,
title = {Near-optimal RNA-Seq quantification},
author = {Nicolas Bray and Harold Pimentel and Páll Melsted and Lior Pachter},
journal= {arXiv preprint arXiv:1505.02710},
year = {2015}
}
备注
- Added some results (paralog analysis, allele specific expression analysis, alignment comparison, accuracy analysis with TPMs) - Switched bootstrap analysis to human sample from SEQC-MAQCIII - Provided link to a snakefile that allows for reproducibility of all results and figures in the paper