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整流双极纳米孔的多尺度建模:显式水与隐式水模拟的比较

介观与纳米尺度物理 2018-03-13 v1 软凝聚态物质 化学物理

摘要

在多尺度建模方法中,我们在两个建模层面上给出了整流双极纳米孔的计算机模拟结果。在全原子模型中,我们使用显式水通过分子动力学技术直接模拟离子传输。在简化模型中,我们使用隐式水,并应用局部平衡蒙特卡洛方法以及能斯特-普朗克传输方程。这种混合方法以损失细节为代价实现了离子传输的快速计算。我们表明,当在器件(即输入对输出)层面观察系统时,隐式水模型是显式水模型的恰当表示。两个模型对不同电压和模型参数的电流产生定性相似的行为。观察浓度和电势分布的细节,我们发现两个模型之间存在深刻差异。然而,这些差异不影响模型作为器件的基本行为,因为它们不影响作为电流主要决定因素的浓度的zz依赖性。这些结果进而解决了一个古老的悖论:其假设在纳米尺度器件中应失效的简化模型,如何能预测实验数据?我们的模拟表明,简化模型仍能正确捕捉整体器件物理,即使它们在一些重要的分子尺度物理方面相当错误;简化模型之所以有效,是因为它们包含了从器件功能角度看必要的物理。因此,简化模型足以用于一般器件理解和器件设计,但分子水平理解可能需要更详细的模型。

关键词

引用

@article{arxiv.1712.00065,
  title  = {Multiscale modeling of a rectifying bipolar nanopore: explicit-water versus implicit-water simulations},
  author = {Zoltán Ható and Mónika Valiskó and Tamás Kristóf and Dirk Gillespie and Dezső Boda},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1712.00065},
  year   = {2018}
}