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从子串的多链重建

信息论 2022-05-11 v1 math.IT

摘要

基于子串谱的字符串重建问题由于其在DNA数据存储与测序中的适用性,近来受到显著关注。与以往工作不同,我们在本文中考虑该问题的一个设定,其中多个字符串被一同重建。给定字符串的多重集SS,其所有长度为某固定值\ell的子串(定义为SS\ell-剖面)被接收,目标是重建SS中的所有字符串。多链\ell-重建码是一组多重集,使得每个元素SS可由其\ell-剖面重建。给定字符串数~kk及其长度~nn,我们首先找到对于具有非零渐近码率的多链\ell-重建码存在所必需的\ell值的下界。随后我们给出此类码的两个构造,并证明对于渐近行为如该下界的\ell值,其码率趋近于~11

关键词

引用

@article{arxiv.2108.11725,
  title  = {Multi-strand Reconstruction from Substrings},
  author = {Yonatan Yehezkeally and Sagi Marcovich and Eitan Yaakobi},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2108.11725},
  year   = {2022}
}

备注

5 pages + 1 reference page. Version accepted for presentation at ITW2021