momentuHMM：用于动物运动广义隐马尔可夫模型的 R 包
定量方法
2018-06-13 v2 应用统计
摘要
离散时间隐马尔可夫模型已成为从遥测数据推断动物潜在行为的极为流行的工具。在此我们介绍一个开源的 R 包 momentuHMM，它解决了现有 HMM 软件中的许多不足。功能包括：1) 数据预处理与可视化；2) 针对无限数量数据流和潜在行为状态的用户自定义概率分布；3) 偏置与相关随机游走运动模型，包括与吸引力或排斥力相关的“活动中心”；4) 使用大多数 R 用户熟悉的公式，对参数的协变量建模提供用户自定义的设计矩阵与约束；5) 考虑测量误差以及时间不规则或缺失数据的多种插补方法；6) 时空协变量栅格数据的无缝整合；7) 用于周期性及其他复杂模式的余弦与样条模型；8) 模型检查与选择；以及 9) 模拟。momentuHMM 显著扩展了现有 HMM 软件的功能，同时应对了与遥测数据相关的常见挑战。因此，它促进了更现实的、假设驱动的动物运动分析，而非统计学家此前很难进行此类分析。虽然受遥测数据启发，但该包可用于分析任何适合 HMM 的数据类型。对额外功能感兴趣的从业者请联系作者。
引用
@article{arxiv.1710.03786,
title = {momentuHMM: R package for generalized hidden Markov models of animal movement},
author = {Brett T. McClintock and Theo Michelot},
journal= {arXiv preprint arXiv:1710.03786},
year = {2018}
}