基于巨正则重加权分子动力学模拟揭示RNA结构探测实验中的协同效应
生物大分子
2024-12-23 v1 应用物理
生物物理
化学物理
定量方法
摘要
SHAPE等化学探测实验常用于探测RNA分子。本工作中，我们使用全原子分子动力学模拟来检验以下假设：RNA与SHAPE试剂的结合受到协同效应的影响，从而导致观测到的反应性与试剂浓度相关。我们开发了一种通用技术，能够在巨正则系综中计算任意分子作为其浓度函数的亲和力。我们对一个RNA结构基元的模拟表明，在SHAPE实验通常使用的浓度下，协同结合将导致可测量的浓度依赖性反应性。我们还通过分析在不同试剂浓度下收集的一组新实验，对该结论进行了定性验证。
引用
@article{arxiv.2209.12640,
title = {Molecular dynamics simulations with grand-canonical reweighting suggest cooperativity effects in RNA structure probing experiments},
author = {Nicola Calonaci and Mattia Bernetti and Alisha Jones and Michael Sattler and Giovanni Bussi},
journal= {arXiv preprint arXiv:2209.12640},
year = {2024}
}