脂双层中分子动力学模拟：因截断电势相互作用导致的主要人工现象
软凝聚态物质
2009-11-07 v1 生物物理
摘要
我们通过 20 ns 的分子动力学模拟研究了在完全水合的纯脂肛醇磷脂酰胆碱（DPPC）双层中截断电势相互作用的影响。将截断电势的计算与使用粒子网格埃尔维方法（PME）的类似计算进行比较。我们检查的所有截断距离（1.8 到 2.5 nm）都会对双层性质产生重大影响，例如使脂链的有序性增强，同时使脂分子的面积减小。相比之下，使用 PME 获得的结果与实验结果一致。这些人工现象可解释为双层平面上分子及分子基团的径向分布函数 的解释。在截断距离处， 的显著极大值或极小值表明截断会在 DPPC 分子的极性磷酸胆碱基团之间产生人工有序性。在使用 PME 描述的系统中，不存在这种人工有序性。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0211650,
title = {Molecular Dynamics Simulations of Lipid Bilayers: Major Artifacts due to Truncating Electrostatic Interactions},
author = {M. Patra and M. Karttunen and M. Hyvonen and E. Falck and P. Lindqvist and I. Vattulainen},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0211650},
year = {2009}
}