用于模拟脂质双分子层凝胶相的简单原子模型
生物物理
2009-11-07 v1 q-bio
摘要
在本文中，我们展示了对细胞膜模型结构性质的大规模数值研究结果，该模型在真空中被模拟为柔性分子双分子层。研究通过使用并行平台与更标准的串行计算机，在不同温度和密度的大范围内，对两个不同尺寸的系统（2x32 和 2x256 个分子）在（NVE）微正则系综中进行广泛的分子动力学模拟来完成。根据系统尺寸的不同，动力学追踪的物理时间从最大系统的几百皮秒到最小系统的 5–10 纳秒不等。我们发现，在我们所研究的整个温度和密度范围内，即使在没有水且忽略库仑相互作用的情况下，双分子层仍保持稳定。我们所探索的物理参数区域的扩展使我们能够研究双分子层相图中的显著点，并揭示随着密度和温度变化而发生的显著结构转变，这被解释为系统从晶体相过渡到凝胶相。
引用
@article{arxiv.physics/0104052,
title = {A simple atomistic model for the simulation of the gel phase of lipid bilayers},
author = {G. La Penna and S. Letardi and V. Minicozzi and S. Morante and G. C. Rossi and G. Salina},
journal= {arXiv preprint arXiv:physics/0104052},
year = {2009}
}
备注
41 pages, 13 figures