利用SCLS对铵转运蛋白进行建模
定量方法
2015-03-13 v2 计算工程、金融与科学
细胞行为
摘要
循环序列随机演算(SCLS)是一种近期提出的建模语言，用于生物系统行为的表示和模拟。其设计旨在结合重写系统符号简单性与组合性优势，同时允许对生物膜及其与环境的相互作用进行相当简单和准确的描述。在本工作中，我们应用SCLS对一种新发现的铵转运蛋白进行建模。该转运蛋白被认为在植物矿物质获取中起关键作用，这一过程发生在丛枝菌根中——地球上分布最广泛的植物-真菌共生体。由于其在农业中的潜在应用，这种共生体是BioBITs项目的主要焦点之一。在我们的实验中，NH3/NH4+从真菌到植物的传递过程被分解为已知和假设的机制；利用目前的模型，我们能够模拟系统在不同条件下的行为。我们的模拟结果证实了关于LjAMT2;2转运蛋白的一些最新实验结果。共生过程建模的初步模拟结果令人鼓舞，并为生物学研究指明了新方向。
引用
@article{arxiv.0910.1418,
title = {Modelling an Ammonium Transporter with SCLS},
author = {Mario Coppo and Ferruccio Damiani and Elena Grassi and Mike Guether and Angelo Troina},
journal= {arXiv preprint arXiv:0910.1418},
year = {2015}
}