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模拟星形胶质细胞中原发性细胞间 Ca$^{2+}$ 波传播的功能网络及其在研究药物效应中的应用

生物物理 2014-06-11 v2 软凝聚态物质 细胞行为

摘要

我们引入了一种简单的多变量信号分析程序,以揭示构成活体组织的细胞之间的功能连接,并描述了如何应用该程序来提取关于药物对组织效应的见解。该程序基于时间分辨活动信号的协方差矩阵。通过确定使协方差最大化的时间滞后,可以推导出细胞间相应连接的权重。引入简单的约束后,即可判断细胞对是否在功能上相连以及连接的方向。在用合成数据测试该方法后,我们将其应用于研究外部刺激后星形胶质细胞中 Ca2+^{2+} 波的细胞间传播,旨在揭示功能细胞连接网络。我们的方法特别适用于此类网络信号传播,其中信号呈脉冲状且具有短时间延迟,并且被证明优于标准方法,即多变量 Granger 算法。最后,基于连接权重分布的统计分析,我们提出了简单的度量方法来评估药物对细胞间功能连接的影响。

关键词

引用

@article{arxiv.1311.6965,
  title  = {Modeling the functional network of primary intercellular Ca$^{2+}$ wave propagation in astrocytes and its application to study drug effects},
  author = {Marcelo Pires and Frank Raischel and Sandra Vaz and Andreia Cruz-Silva and Ana Sebastião and Pedro G. Lind},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1311.6965},
  year   = {2014}
}

备注

14 pages, 12 figures