将 CUDA 迁移至 oneAPI：以 Smith-Waterman 为例的研究
分布式、并行与集群计算
2022-06-22 v2 编程语言
摘要
为应对异构计算相关的编程挑战，英特尔近期推出了 oneAPI，这是一种新的编程环境，允许用 Data Parallel C++ (DPC++) 语言开发的代码运行于 CPU、GPU、FPGA 等不同设备上。为处理基于 CUDA 的遗留代码，oneAPI 提供了一个兼容性工具 (dpct)，可便利地迁移至 DPC++。鉴于生物信息学领域存在大量基于 CUDA 的软件，本文介绍了我们使用 dpct 将知名的序列比对工具 SW#db 移植到 DPC++ 的经验。通过实验工作，证明了 dpct 对 SW#db 代码迁移的实用性，以及迁移后 DPC++ 代码的跨 GPU 厂商、跨架构可移植性。此外，性能结果显示，迁移后的 DPC++ 代码与其原生 CUDA 对应代码效率相当，在某些测试中甚至更优（约 +5%）。
引用
@article{arxiv.2203.11100,
title = {Migrating CUDA to oneAPI: A Smith-Waterman Case Study},
author = {Manuel Costanzo and Enzo Rucci and Carlos Garcia Sanchez and Marcelo Naiouf and Manuel Prieto-Matias},
journal= {arXiv preprint arXiv:2203.11100},
year = {2022}
}
备注
Accepted in IWBBIO 2022