MiDi：用于分子生成的混合图与 3D 去噪扩散
机器学习
2023-06-06 v2
摘要
本工作引入了 MiDi，一种用于联合生成分子图及其对应 3D 原子排列的新型扩散模型。与依赖预定义规则基于 3D 构象确定分子键的现有方法不同，MiDi 提供了一种端到端可微的方法，简化了分子生成过程。我们的实验结果证明了该方法的有效性。在具有挑战性的 GEOM-DRUGS 数据集上，MiDi 生成了 92% 的稳定分子，而此前使用原子间距离进行键预测的 EDM 模型仅为 6%，使用 EDM 并随后采用直接优化键价以验证有效性的算法则为 40%。我们的代码可在 github.com/cvignac/MiDi 获取。
引用
@article{arxiv.2302.09048,
title = {MiDi: Mixed Graph and 3D Denoising Diffusion for Molecule Generation},
author = {Clement Vignac and Nagham Osman and Laura Toni and Pascal Frossard},
journal= {arXiv preprint arXiv:2302.09048},
year = {2023}
}
备注
22 pages. Under review