基于 SE(3) 流的刚性构块 3D 分子生成
机器学习
2026-01-26 v1
摘要
三维分子结构生成通常在单个原子级别进行，而分子图生成技术常将片段作为其结构单元。基于帧基蛋白质结构生成的进展，我们将这些碎片化思想扩展到 3D， treating一般分子作为刚体构块的集合。借助这种表示方法，我们采用 SE(3) 等变生成模型对刚性构块进行 de novo 3D 分子生成。在我们的评估中，我们观察到结果与最新方法相当或更好，在 GEOM-Drugs 上在原子稳定性方面超过了最新方法，同时生成步骤减少 2 倍至 10 倍，分子表示压缩比达 3.5 倍，远高于标准基于原子的方法。
引用
@article{arxiv.2601.16955,
title = {3D Molecule Generation from Rigid Motifs via SE(3) Flows},
author = {Roman Poletukhin and Marcel Kollovieh and Eike Eberhard and Stephan Günnemann},
journal= {arXiv preprint arXiv:2601.16955},
year = {2026}
}