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面向数字组织解卷积的损失函数学习

定量方法 2018-06-13 v1

摘要

组织的基因表达谱是对该组织中所有细胞表达谱的平均。数字组织解卷积(DTD)解决如下逆问题:给定组织表达谱 yy,该组织的细胞组成 cc 是什么?若 XX 是以各细胞类型参考谱为列的矩阵,则组成 cc 可通过最小化给定损失函数 L\mathcal L 下的 L(yXc)\mathcal L(y-Xc) 计算得到。现有方法使用预定义的通用途损失函数。它们能成功量化组织中占主导的细胞,但常难以检测小细胞群。在此,我们同时学习损失函数 L\mathcal L 与组成 cc。这使我们能够适应特定应用需求,如聚焦于小细胞群或区分表型相似细胞群。我们的方法对大细胞分数的量化与现有方法同样准确,并显著改进了小细胞群的检测与相似细胞类型的区分。

关键词

引用

@article{arxiv.1801.08447,
  title  = {Loss-function learning for digital tissue deconvolution},
  author = {Franziska Görtler and Stefan Solbrig and Tilo Wettig and Peter J. Oefner and Rainer Spang and Michael Altenbuchinger},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1801.08447},
  year   = {2018}
}

备注

13 pages, 7 figures