利用记忆网络借助先验知识抽取蛋白质-蛋白质相互作用
计算与语言
2020-01-08 v1
摘要
从生物医学文献中自动抽取蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）为精准医学工作提供了额外支持。本文提出一种基于记忆网络的新模型（MNM）用于PPI抽取，该模型利用记忆网络中的蛋白质对先验知识。所提MNM捕获与从知识库学到的知识表示相关的重要上下文线索。先验知识的实体嵌入与关系嵌入均有效提升了PPI抽取模型，从而在BioCreative VI PPI数据集上达到新的最优性能。本文还表明，外部记忆上的多层计算优于具有局部记忆的长短期记忆网络。
引用
@article{arxiv.2001.02107,
title = {Leveraging Prior Knowledge for Protein-Protein Interaction Extraction with Memory Network},
author = {Huiwei Zhou and Zhuang Liu and Shixian Ning and Yunlong Yang and Chengkun Lang and Yingyu Lin and Kun Ma},
journal= {arXiv preprint arXiv:2001.02107},
year = {2020}
}
备注
Published on Database-The Journal of Biological Databases and Curation, 11 pages, 5 figures