多离子通道中的离子分配与输运：细菌孔蛋白OmpF的分子动力学模拟研究
材料科学
2015-05-19 v1 软凝聚态物质
生物物理
摘要
我们进行了全原子分子动力学模拟，研究了细菌孔蛋白OmpF及其两个选定突变体中离子的分配和离子电流。该研究受中性pH下其选择性和电导行为的新颖实验发现所驱动。此处考虑的突变旨在研究去除野生型OmpF通道收缩区负电荷（该区域一侧含有三个正残基簇，另一侧含有两个带负电残基）的影响。我们的结果表明，这些突变导致阳离子从通道收缩区被排除，从而显著减少了阳离子流。事实上，突变体通道内离子的分配是强烈不均匀的，存在阳离子过剩区域和阴离子过剩区域。有趣的是，与OmpF野生型通道一样，两个突变体通道内阳离子的总数大于阴离子的总数。我们发现，这些通道内离子电荷的差异可由野生型OmpF与突变体之间的电荷差异解释，遵循电中性平衡。
引用
@article{arxiv.1006.0623,
title = {Ionic partition and transport in multi-ionic channels: A Molecular Dynamics Simulation study of the OmpF bacterial porin},
author = {Jordi Faraudo and Carles Calero and Marcel Aguilella-Arzo},
journal= {arXiv preprint arXiv:1006.0623},
year = {2015}
}