空间组学邻域的交互式可视化

空间组学数据的降维可以揭示一组基因组特征间共享的、具有空间结构的表达模式。我们研究了基于邻域特征构建来发现和交互式可视化空间组学数据中低维结构的策略。我们设计了分位数和基于网络的空域特征，从而得到空间一致的嵌入。一项仿真比较了使用与不使用基于邻域特征化的嵌入，对 [Keren et al., 2019] 的再分析说明了整体工作流程。我们提供了一个 R 包 NBFvis，以支持所提降维方法的计算与交互式可视化。用于复现实验和分析的代码与数据可在 https://github.com/XTH1114/NBFvis 获取。