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基于指令的分子图生成:统一文本-图扩散模型

机器学习 2025-08-27 v2 化学物理 生物大分子

摘要

计算化学的最新进展越来越多地聚焦于基于文本指令合成分子。将图生成与这些指令相结合是复杂的,导致大多数现有方法使用预训练大语言模型结合分子序列。针对这一挑战,我们提出了一种名为 UTGDiff(统一文本-图扩散模型)\textbf{UTGDiff(统一文本-图扩散模型)} 的新框架,该框架利用语言模型进行离散图扩散,从而从指令生成分子图。UTGDiff以统一文本-图Transformer作为去噪网络,该网络源自预训练语言模型,并经过最小修改,通过注意力偏置来处理图数据。我们的实验结果表明,UTGDiff在指令驱动分子生成和编辑任务中持续优于基于序列的基线方法,在给定等效预训练语料的情况下,以更少的参数实现了更优性能。我们的代码可在 https://github.com/ran1812/UTGDiff 获取。

关键词

引用

@article{arxiv.2408.09896,
  title  = {Instruction-Based Molecular Graph Generation with Unified Text-Graph Diffusion Model},
  author = {Yuran Xiang and Haiteng Zhao and Chang Ma and Zhi-Hong Deng},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2408.09896},
  year   = {2025}
}

备注

ECAI 2025