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营养受限连续培养中代谢通量的推断:一种最小信息的最大熵方法

统计力学 2021-09-28 v1 定量方法

摘要

我们提出了一种推断恒化器中细胞培养代谢通量的新方案。我们的方法基于最大熵原理,并利用对恒化器动力学的理解及其与细胞实际代谢的联系。我们表明,在具有限制性营养物的连续培养中,推断可以仅用关于培养的有限信息完成:恒化器的稀释率、进料培养基中限制性营养物的浓度以及稳态下的细胞浓度。此外,我们指出我们的技术不仅提供培养中通量均值的信息,还提供其异质性的信息。我们首先通过研究恒化器的计算模型展示这些结果。由于能控制该模型,我们可以精确检验推断的质量,并揭示我们方法成功背后的机制。然后,我们将方法应用于文献中的大肠杆菌实验数据,并表明它优于依赖于通量平衡分析框架的替代公式。

关键词

引用

@article{arxiv.2109.13149,
  title  = {Inferring metabolic fluxes in nutrient-limited continuous cultures: A Maximum Entropy Approach with minimum information},
  author = {Jose A. Pereiro-Morejón and Jorge Fernández-de-Cossio-Díaz and R. Mulet},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2109.13149},
  year   = {2021}
}

备注

35 pages, 11 figues