利用系统发育树空间上的热带多胞形填补系统发育树
种群与进化
2023-07-06 v2
摘要
当我们将比较系统发育分析应用于基因组数据时，一些给定物种（或分类单元）经常缺失基因是一个众所周知的问题和挑战。在这种情况下，我们必须从一组基因树样本中填补基因树的缺失部分。在这篇短文中，我们提出一种在热带几何框架下利用经典线性回归类比来推断系统发育树缺失部分的新方法。在我们的方法中，我们考虑一个热带多胞形，即关于最接近数据点的热带度量的凸包。我们给出了一个条件，保证我们的方法估计的树与真实树之间的鲁宾逊-福尔兹（RF）距离至多为 4，并且使用模拟数据的计算实验表明我们的方法效果良好。
引用
@article{arxiv.2306.17566,
title = {Imputing phylogenetic trees using tropical polytopes over the space of phylogenetic trees},
author = {Ruriko Yoshida},
journal= {arXiv preprint arXiv:2306.17566},
year = {2023}
}