iMapD：用于未知有效自由能面的本征映射动力学探索
化学物理
2025-10-01 v1 计算物理
摘要
我们描述并实现了iMapD，一种用于加速探索未知有效自由能面(FES)的计算机辅助方法，更一般地，用于从原子级或随机（此处为分子动力学，MD）模拟中提取粗粒化宏观信息。该方法将MD模拟器与非线性流形学习技术进行功能链接。其附加价值在于：利用（随着探索推进而逐渐揭示的）FES内在低维几何的平滑性，将模拟器偏向于新的、未探索的相空间区域。
引用
@article{arxiv.1701.01513,
title = {iMapD: intrinsic Map Dynamics exploration for uncharted effective free energy landscapes},
author = {Eliodoro Chiavazzo and Ronald R. Coifman and Roberto Covino and C. William Gear and Anastasia S. Georgiou and Gerhard Hummer and Ioannis G. Kevrekidis},
journal= {arXiv preprint arXiv:1701.01513},
year = {2025}
}