通过消息传递识别蛋白质-蛋白质相互作用中的直接残基接触
生物大分子
2009-01-12 v1 统计力学
定量方法
摘要
理解蛋白质-蛋白质相互作用特异性的分子决定因素是后基因组生物学的一个突出挑战。从数百个细菌基因组序列生成的大型蛋白质数据库的可用性，使得各种统计方法得以应用于此问题。在此背景下，基于协方差的方法已被用于识别相互作用蛋白质中氨基酸位置之间的相关性。然而，这些方法有一个重要缺陷，即它们无法区分直接相关和间接相关的残基。我们开发了一种方法，将协方差分析与从统计物理学中采用的全局推理分析相结合。应用于超过2500个细菌双组分信号转导系统的代表性样本，协方差与全局推理的结合成功且稳健地识别了在空间上邻近的残基对，无需借助临时调整参数，无论是对于传感器激酶(SK)和响应调节因子(RR)蛋白之间的异源相互作用，还是RR蛋白之间的同源相互作用。该方法的显著成功说明了全局推理方法在仅基于序列信息识别直接相互作用方面的有效性。我们预计，随着被测序基因组数量的持续增长，该方法很快将适用于基因组中仅存在单拷贝的蛋白质之间的相互作用表面。使用该方法可以显著增加治疗干预的潜在靶点，阐明蛋白质-蛋白质相互作用的机制，并为准确预测相互作用的蛋白质伙伴奠定基础。
引用
@article{arxiv.0901.1248,
title = {Identification of direct residue contacts in protein-protein interaction by message passing},
author = {M. Weigt and R. A. White and H. Szurmant and J. A. Hoch and T. Hwa},
journal= {arXiv preprint arXiv:0901.1248},
year = {2009}
}
备注
Supplementary information available on http://www.pnas.org/content/106/1/67.abstract